Hay dos formas de modificar el PHP.ini, uno general y otro especifico
Para hacer una modificación general, solo entra a tu cuenta de cPanel, Software, Seleccionar Versión de PHP, aquí dentro al lado superior derecho encontrara una opción que dice: "Swith To PHP Options", al darle click aquí, podrá ver las opciones de PHP.ini
Para hacer una modificación a un dominio o subdominio en especifico en su cPanel, vamos a software, Editor INI de MultiPHP